Die Bürgerstiftung Straubing wird von den Organen der Stadt Straubing nach kommunalrechtlichen Vorschriften verwaltet und vertreten.
Der Oberbürgermeister der Stadt Straubing vertritt die Stiftung gerichtlich und außergerichtlich. Die Artikel 38 und 39 der Bayerischen Gemeindeordnung gelten entsprechend.
Der Stadtrat hat den für die jeweilige Stadtratsperiode agierenden Stiftungsbeirat zuletzt am 25.05.2020 gewählt. Der Stiftungsbeirat macht Vorschläge zu konkreten Zielen sowie zum Konzept der Projektarbeit im Rahmen der Stiftungszwecke. Ihm gehören für die nächsten sechs Jahre an: